Наиболее известные его изобретения - электромагнитный пишущий телеграф ( "Аппарат Морзе") и код (азбука) морзе.
Годы работы и учёбы потребовались, чтобы его телеграф заработал. В 1837 году он совместно с а. вейлом разработал систему передачи букв точками и тире, ставшей известной во всём мире как код морзе. Он не находил поддержки ни дома, ни в Англии, ни во Франции, ни в России, встречая везде отказ
. При очередной попытке заинтересовать конгресс США созданием телеграфных линий, он приобрёл конгрессмена в партнёры, и в 1843 году морзе получил субсидию в 30 000 долларов для строительства первой телеграфной линии от балтимора до Вашингтона.