Помимо многочисленных швейцарских гвардейцев на страже библиотеки стоят современные автоматические системы, образующие несколько уровней зашиты.
О секретных архивах Ватикана стало известно в 1611 году при папе Павле V. попасть туда может ограниченный круг лиц. Некоторые ученые, имеющие рекомендательное письмо, могут попасть в святая святых, но вход туда регламентирован и допускает в год посещение двоих человек
. При этом, вход в архив не предполагает свободного перемещения и доступа к любым документам. Посетитель указывает интересующую его тему, и ему подбирают соответствующую литературу.
Такая закрытость вызывает вопросы и рождение версий о том, что на самом деле хранит архив Ватикана.
Возможно именно там хранится библиотека ивана грозного и александрийская.