На эту тему было проведено несколько исследований.
Чувство безопасности. Коробка даёт укрытие, где можно наблюдать за миром, оставаясь незаметным и защищённым.
Тепло. Кошкам комфортнее при температуре выше, чем в обычной квартире. Картон хорошо удерживает тепло, а тесное пространство помогает согреться.
Снижение стресса. Исследования (в приютах) показали: кошки с коробками быстрее адаптируются и меньше стрессуют.

Запах и текстура. Картон впитывает запахи, кошка "Помечает" коробку как свою. Его приятно царапать и мять.
Игра и любопытство. Коробка - это укрытие, засада, игрушка и головоломка в одном.
Коты часто предпочитают очень тесные коробки, в которых еле помещаются. В таком пространстве их практически невозможно застать врасплох: спина и бока защищены стенками, остаётся лишь одна точка контроля - вход. Для животного с сильными инстинктами это ощущается как "я в Бункере". Теперь мы знаем.