Зуни говорят на собственном, зунийском языке, который не похож ни на один местный диалект, зато он очень близок к японскому - настолько, что современные японцы без проблем понимают зунийцев.
Кроме того, некоторые группы крови с одинаковой частотой встречаются у японцев и у народа зуни, тогда как у других аборигенов они не встречаются вовсе. У представителей этого племени проявляется и редкая болезнь почек, совершенно не характерная для коренных американцев, зато часто встречающаяся в Азии
. Это сходство до сих пор тайной для ученых остается. К тому же они похожи внешне на коренных индейцев, ну никак не на азиатов.