Чистый кварц, основной минерал агатов, обычно бесцветен. Однако Агаты бывают различных оттенков благодаря нескольким факторам. Во-первых, кварц может иметь разнообразные цвета из-за микропримесей и дефектов в кристаллической структуре.
Во-вторых, в слоях халцедона и кварцина могут оставаться пустоты, куда при росте захватываются молекулы воды, кристаллы других минералов или органические вещества. Чаще всего это минералы железа, такие как гематит или гётит, которые придают агатам красно-коричневую и оранжево-желтую окраску, но возможны и другие цветовые комбинации.