Новые штаммы SARS-CoV-2: что мы знаем о них и как им противостоять

Новые штаммы SARS-CoV-2: что мы знаем о них и как им противостоять

Мы уже хорошо знаем, что вирусных частиц особенно много в горле и легких инфицированных людей. Наибольшая опасность заражения:

• прямой контакт с инфицированным человеком;
• прикосновение к заражённой поверхности;
• через аэрозоли. Особенно легко аэрозольная взвесь с частицами вируса может распространяются через системы кондиционирования воздуха, которые широко используются, например, в мясной промышленности, как это произошло в Германии .

Эпидемиологическую опасность представляют закрытые помещения с большим скоплением людей. Вот почему меры по изоляции, социальному дистанцированию, закрытию развлекательных заведений, отмене масштабных мероприятий оказались очень эффективными в сдерживании болезни.

Самые крупные очаги заражения можно проследить до так называемых суперспредеров (суперраспространителей) инфекции. Исследователи в Гон-Конге просчитали , что 20% социально-активных инфицированных людей ответственны за 80% случаев COVID-19.

Ношение масок для лица – мировая общепринятая мера профилактики распространения новой коронавирусной инфекции. Однако использование масок не должно создавать чувства мнимой защищенности. Официальная позиция ВОЗ по данному вопросу звучит так: само по себе использование маски не является достаточным для обеспечения адекватного уровня защиты от заражения COVID-19. В дополнение к ношению маски необходимо соблюдать с окружающими дистанцию не менее 1 метра, часто мыть или дезинфицировать руки и избегать прикосновения руками к лицу или маске.

Связанные вопросы и ответы:

Что такое штаммы SARS-CoV-2

Каждый вирус имеет свой собственный геном - уникальную специфическую последовательность ДНК или РНК. Коронавирус SARS-CoV-2 представляет собой самосборную наночастицу, внутри которой находится одноцепочечная РНК (рибонуклеиновая кислота).
Геном SARS-CoV-2 представляет собой длинную последовательность РНК, состоящую почти из 30 000 символов (нуклеотидов), которые работают в строгой последовательности. Этот порядок может измениться: если каждая новая копия вируса собрана в одном из этих соединений, может произойти ошибка — замена одного нуклеотида другим — и в результате код всей цепи немного изменится. В каждом новом" хозяине" геном вируса изменяется незначительно.Эти изменения могут быть очень незначительными, но они позволяют установить связь между инфицированными людьми или следовать по пути, который выбрал вирус. Под словом "племя" ученые подразумевают генетически иную ветвь вируса, которая отличается от своего "отца" одной или несколькими мутациями. Разница может составлять лишь долю процента от общего генома, но каждая новая последовательность РНК может вызвать новую ветвь вируса, то есть новый штамм.Скорость, с которой происходят генетические изменения, варьируется от вируса к вирусу, и SARS-CoV-2 мутирует относительно медленно. Большинство геномов этого вируса отличаются друг от друга небольшим количеством точечных заменителей, а число отличий от исходного варианта не превышает 30-почти 30 тысяч нуклеотидов.

Какие новости есть о новых штаммах SARS-CoV-2

Американским ученым(Vir Biotechnology (США) иИнститута геномики и эволюционной медицины Темплского университета) впервыеудалось создать математическую модель, которая позволяет предсказывать мутации в Spike-белке SARS-CoV-2, влияющие на способность вируса преодолевать иммунную защиту организма человека.С помощью математических расчетов специалисты могут заранее предугадать важные изменения, которые произойдут с коронавирусом в будущем. Согласно их данным,в ближайшие четыре месяца стоит ожидать появления 22 новых мутаций SARS-CoV-2. При этом специалисты из США учитывают только те изменения в коронавирусе, которые получат массовое распространение по всему миру.

— Мы с высокой точностью определили мутации, которые распространятся в ближайшие четыре месяца и будут действовать в различных фазах пандемии, — написали ученые в, посвященной исследованию.

Эволюционные изменения в SARS-CoV-2 происходят непрерывно, но большая их часть нейтральна и не приводит к значимым переменам в поведении вируса.Самые важные для медиков мутации в Spike-белке коронавируса, так как именно он выступает мишенью для антител иммунной системы. К концу апреля этого года в мире насчитывалось 6,2 тыс. таких мутаций.

Прогностическая модель включает в себя 48 параметров, разделенных на пять групп, в число которых вошли «вирусная эволюция», «эпидемиологические особенности», «иммунные характеристики», «заразность» и «языковая модель мутаций». Исследования показали, что для точного предсказания лучше использовать данные по распространению мутаций не в отдельно взятой стране, а глобально — по всему миру. Наиболее важной для прогнозирования оказалась группа параметров «эпидемиологические особенности», отражающие степень распространенности конкретной мутации в мире. Сюда включаются показатели числа последовательностей аминокислот, содержащих данную мутацию, количество стран, в которых она встречается, и другие переменные, доступные в открытой базе геномных данных GISAID (главная мировая база геномов SARS-CoV-2).

Чтобы проверить надежность своей модели, ученые попытались ретроспективно «предсказать» те мутации, которые на данный момент уже массового распространились по планете. Оказалось, что даже в тех случаях, когда об изменениях в последовательностях аминокислот нет исчерпывающей информации, модель может прогнозировать их появление за пять месяцев до того момента, как их распространенность в мировом масштабе достигнет 1%. Дополнительно авторы исследования предсказали появление мутаций L452R, P618R, E484Q, которые привели к появлению индийского штамма «Дельта». Им удалось сделать это на несколько месяцев раньше его распространения по миру.

Возможность предугадать, как будет эволюционировать вирус, позволит заранее разрабатывать вакцины для будущих штаммов, улучшать методы их диагностики и терапии с использованием антител, а также точнее прогнозировать развитие пандемии с учетом числа новых заражений, госпитализаций и смертельных исходов.

Как новые штаммы SARS-CoV-2 отличаются от первоначального вируса

Гамма-штамм (P.1) SARS-CoV-2 имеет аж 12 мутаций в спайковом белке, включая N501Y (как у «альфа» и «бета») и E484K (как у «бета»). Из нового в нем мутация белка-шипа K417T, позволяющая вирусу более прочно связываться с клетками человека, а в некоторых случаях - избегать антител. Гамма-штамм в 3 раза заразнее, чем обычный коронавирус, и способен преодолевать иммунитет у переболевших. К тому же, вирус сильнее поражает молодых людей и беременных женщин, чем обычный ковид.

Клиническая картина

Опыт других стран, где встречается мутация коронавируса P.1, позволяет предположить, что болезнь протекает не тяжелее, чем в случае инфицирования первоначальным вариантом SARS-CoV-2.

Распространенность

Гамма-штамм (P.1) был впервые выявлен 6 января 2021 года Национальным институтом инфекционных заболеваний (NIID) у четырех японцев, вернувшихся из штата Амазонас (Бразилия). Гамма-штамм вызвал в городе Манаус, столице штата Амазонас, «вторую волну» коронавируса, притом что более 70% горожан имели антитела после эпидемии в мае 2020 года.

Ситуация осложнилась тем, что президент Бразилии Жаир Болсонару - антипрививочник и ковид-диссидент. Болсонару называл коронавирус «мелким гриппом», игнорировал призывы ввести масочный режим и самоизоляцию. Ущерб жителям тропиков был столь сокрушительным, что на пике заболеваемости система здравоохранения рухнула, а на кладбищах не успевали рыть могилы. Изображения тысяч свежевырытых могил стали символом кризиса в Бразилии, занявшей 2 место в мире в списке стран по уровню смертности от COVID-19. По данным Центров по контролю и профилактике заболеваний (CDC), в США, занявших 1 строчку антирейтинга, гамма-штамм коронавируса в настоящее время является превалирующим.

Какие последствия может иметь распространение новых штаммов SARS-CoV-2

Южноафриканский и британский варианты зародились у людей с иммунодефицитами, полагает Сергей Нетёсов.

— Судя по всему, британский вариант первоначально циркулировал в человеке больше двух месяцев и всё это время постоянно происходил отбор вариантов, устойчивых к медленно возникающему иммунитету, — рассуждает вирусолог.

По его словам, британский вирус несколько месяцев циркулировал у больного с лейкозом, при котором сильно нарушается иммунная система.

Южноафриканский штамм SARS-CoV-2 также образовался, скорее всего, у пациентов, имеющих хроническую дисфункцию на уровне иммунитета. По всей вероятности, это была одна из форм рака крови, считает Павел Волчков.

— Видимо, пациент, которого лечили плазмой крови от переболевших доноров, адаптировался к этой терапии, — полагает он. — В итоге вирус задержался в его теле и мутировал.

Риски распространения выявленных штаммов в России довольно высоки, добавил Сергей Нетёсов.

— В Британии новый вариант коронавируса практически вытеснил предыдущий из-за того, что он быстрее размножается. Скорее всего, это произойдет и у нас, — считает эксперт.

При этом в стремительной экспансии южноафриканского варианта вирусолог сомневается — распространение этого варианта происходит не так быстро. По его прогнозам, не повлияет на статистику заболеваемости в России и британский штамм.

— Уже проверено несколькими лабораториями в разных странах, что этот штамм, вернее всего, не будет прошибать иммунитет, который вырабатывается после вакцинации вакцин и у людей, которые уже переболели ковидом. А по словам директора Центра имени Гамалеи академика Александра Гинцбурга, «Спутник V» защищает и от британского штамма, — напомнил вирусолог.

Как можно защититься от новых штаммов SARS-CoV-2

Впервые новый вариант SARS-CoV-2 был выявлен в образце за 9 ноября 2021 года в Ботсване (Южная Африка). 23 ноября он получил наименование B.1.1.529, 24 ноября информацию о нем появилась у экспертов ВОЗ, а 27 ноября на экстренном совещании WHO Technical Advisory Group (TAG) – личную букву греческого алфавита, омикрон. Эксперты ВОЗ отнесли его в группу VOC (Variant of Concern) – «вариант, вызывающий озабоченность», то есть признали представляющим потенциальную угрозу для человечества. В эту же группу входят варианты альфа, бета, гамма и дельта.

В течение первых же дней вариант омикрон был обнаружен в Гонконге, Израиле, Бельгии, причем в последнем случае симптомы развились у молодой невакцинированной женщины, которая никак не была связана с Южной Африкой, зато за 11 дней до этого вернулась из Египта через Турцию. То есть, уже на тот момент вирус успел распространиться далеко за пределы Африки.

На момент написания этой статьи омикрон уже обнаружен на 5 континентах и в более чем 20 странах мира. Число выявленных заболевших с подтвержденным результатом теста пока минимально – более 200 человек. Появление омикрона в других странах — всего лишь вопрос времени.

На данный момент в попытке замедлить распространение вируса часть государств снова закрыли свои границы (Израиль, Япония и Марокко). А Канада, США и страны ЕС ограничили въезд из Южной Африки. В России ограничения пока не введены, но срок действия для результатов ПЦР-теста сокращен с 3 до 2 суток.

Какие меры безопасности следует принимать для предотвращения распространения новых штаммов SARS-CoV-2

Для эффективной защиты от коронавируса в мире разработано уже более 20 вакцин, еще 60 с лишним проходят стадию клинических испытаний. Но есть и другие меры. Обсудим основные правила профилактики коронавируса у человека

профилактика коронавируса. Фото: Globallookpress

Врачи говорят: любую болезнь проще предупредить, чем лечить. Это особенно касается вирусных заболеваний. Многие из них нельзя купировать препаратами, их лечение – симптоматическое. То есть, устраняются последствия вирусной инфекции – температура, насморк, кашель. Коронавирус – не исключение. Впрочем, каких-либо особых методов неспецифической профилактики у него нет, все то же, что при гриппе и ОРВИ. Для защиты от заражения или тяжелых форм инфекции, если все-таки заболеете, существуют вакцины. Но существуют и другие профилактические меры.

Мероприятия по профилактике коронавируса и рекомендации от врачей

– Нам известно, что коронавирус передается не только воздушно-капельным, но, возможно, и воздушно-пылевым путем, – напоминает иммунолог-аллерголог, директор НИЦ по профилактике и лечению вирусных инфекций Георгий Викулов . – Плюс контактный и фекально-оральный путь. Можно заразиться через грязную посуду. Можно заразиться при приготовлении инфицированной пищи – мяса, морепродуктов. При температурной обработке вирус погибнет, употреблять продукты в пищу – безопасно, но тот, кто готовил и имел контакт с сырыми продуктами, может заболеть.

Чтобы защититься от коронавируса, ВОЗ, Роспотребназдор и врачи инфекционисты советуют соблюдать следующие правила:

Чаще мойте руки с мылом

Это поможет удалить вирусы. Если нет такой возможности – протирайте руки спиртосодержащими средствами или дезинфицирующими салфетками. Спирт уничтожает вирусы на поверхности кожи.

Графика: Наиль Валиулин

Держитесь подальше от мест скопления людей

Старайтесь поменьше пользоваться общественным транспортом, посещать массовые мероприятия и магазины. Если есть возможность дойти до нужного места пешком или доехать на своей машине – сделайте это. Откажитесь от похода в театры и кино, на выставки и концерты. Если же вы оказались в общественном месте, держитесь от людей на расстоянии не менее 1 м.

Не трогайте грязными руками глаза, нос и рот

Вирусы, в том числе и коронавирус, легко проникают в организм через слизистые оболочки. Если кашляете и чихаете, прикрывайте нос и рот одноразовыми салфетками. И сразу же их выбрасывайте. Если их не оказалось под рукой – чихайте и кашляйте в согнутый локоть, но ни в коем случае в ладони.

Сведите к минимуму тактильные контакты

Не целоваться, не обниматься, не здороваться за руку! В качестве приветствия помашите рукой или кивните головой.

Носите медицинскую маску

Маска не дает надежной защиты от попадания вируса в организм, но защитит ваших коллег от вируса, если вы его подхватили. Маску надо менять каждые 2 часа.

Не употребляйте в пищу сырые морепродукты и мясо

Никаких сашими, карпаччо, хе и стейков с кровью! Мясо и рыбу можно есть только после тепловой обработки до полной готовности.

Ведите здоровый образ жизни

От COVID-19 нет специфического лечения, но, если у вас хороший иммунитет, организм должен побороть инфекцию. Высыпайтесь. Ешьте больше продуктов, богатых белками, витаминами и минералами. Займитесь физкультурой. Откажитесь от курения и алкоголя.

Займитесь дыхательной гимнастикой

– Поддержать здоровье легкихпоможет простейшая дыхательная гимнастика – надувание шариков с полным выдохом через полусомкнутые губы. Поставьте себе будильник, чтобы делать это три раза в день по 5 минут. А тем, кто заболел, так дышать хорошо бы каждый час. Эта гимнастика «расправляет» легкие и служит профилактикой воспаления, – советует к.м.н., старший научный сотрудник факультета фундаментальной медицины МГУ Зухра Павлова.

Старайтесь не расплачиваться наличными

По данным ВОЗ, на бумажных деньгах вирус сохраняется до 4 дней. Используйте для оплаты приложение в мобильном телефоне или банковские карты, желательно бесконтактные, чтобы не вставлять карту в платежный терминал и не набирать пинкод. На пластике вирусы сохраняются до 9 дней.

Возвращение домой. Графика: Наиль Валиуллин

Своевременно вызывайте врача

При малейших признаках ОРВИ, вызывайте врача. Здесь лучше перестраховаться.

– У COVID-19 нет стопроцентно специфических проявлений на ранних стадиях, – напоминает доктор Павлова. – Как только почувствовали себя плохо, надо сразу самоизолироваться! Не ходить на работу и уж тем более не заходить к пожилым родственникам.

.

Как эффективно лечиться от новых штаммов SARS-CoV-2

2. ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА

С декабря 2019 г. по март 2020 г. наиболее широкое распространение SARS-CoV-2 получил на территории КНР, в которой подтвержденные случаи заболевания были зарегистрированы во всех административных образованиях. Наибольшее количество заболевших выявлено в Юго-Восточной части КНР с эпицентром в провинции Хубэй (84% от общего числа случаев в КНР).

С конца января 2020 г. во многих странах мира стали регистрироваться случаи COVID-19, преимущественно связанные с поездками в КНР. В конце февраля 2020 г. резко осложнилась эпидемиологическая обстановка по COVID-19 в Южной Корее, Иране и Италии, что в последующем привело к значительному росту числа случаев заболевания в других странах мира, связанных с поездками в эти страны. ВОЗ объявила 11 марта 2020 г. о начале пандемии COVID-19.

Источником инфекции является больной человек, в том числе находящийся в инкубационном периоде заболевания, и бессимптомный носитель SARS-CoV-2. Наибольшую опасность для окружающих представляет больной человек в последние два дня инкубационного периода и первые дни болезни.

Передача инфекции осуществляется воздушно-капельным, воздушно-пылевым и контактно-бытовым путями. Ведущим путем передачи SARS-CoV-2 является воздушно-капельный, который реализуется при кашле, чихании и разговоре на близком (менее 2 метров) расстоянии. Возможен контактно-бытовой путь передачи, который реализуется во время рукопожатий и при других видах непосредственного контакта с инфицированным человеком, а также через поверхности и предметы, контаминированные вирусом.

РНК SARS-CoV-2 обнаруживалась в образцах фекалий больных COVID-19, однако риск инфицирования поредством фекально-орального механизма передачи являтеся низким.

Установлена роль COVID-19 как инфекции, связанной с оказанием медицинской помощи . Медицинские работники подвергаются самому высокому риску инфицирования, поскольку в процессе выполнения профессиональных обязанностей имеют длительный аэрозольный контакт. Риск реализации воздушно-капельного, пылевого и контактно-бытового путей передачи возбудителя повышается в условиях несоблюдения требований санитарно-противоэпидемического режима, правил эпидемиологической безопасности, в том числе использования средств индивидуальной защиты.

Существует риск формирования эпидемических очагов COVID-19 в организованных коллективах и коллективах организаций закрытого типа при несоблюдении мер профилактики инфекции.
Новая коронавирусная инфекция, вызванная SARS-CoV-2, включена в перечень заболеваний, представляющих опасность для окружающих (постановление Правительства Российской Федерации от 31 января 2020 г. № 66).

Стандартное определение случая заболевания COVID-19

Подозрительный на COVID-19 случай

Клинические проявления острой респираторной инфекции (ОРИ) (температура (t) тела выше 37,5 °C и один или более из следующих признаков: кашель – сухой или со скудной мокротой, одышка, ощущение заложенности в грудной клетке, насыщение крови кислородом по данным пульсоксиметрии (SpO2) ≤ 95%, боль в горле, заложенность носа или умеренная ринорея, нарушение или потеря обоняния (гипосмия или аносмия), потеря вкуса (дисгевзия), конъюнктивит, слабость, мышечные боли, головная боль, рвота, диарея, кожная сыпь) при отсутствии других известных причин, которые объясняют клиническую картину вне зависимости от эпидемиологического анамнеза.

Вероятный (клинически подтвержденный) случай COVID-19

1. Клинические проявления ОРИ (t тела > 37,5 °C и один или более признаков: кашель, сухой или со скудной мокротой, одышка, ощущение заложенности в грудной клетке, SpO2 ≤ 95%, боль в горле, заложенность носа или умеренная ринорея, нарушение или потеря обоняния (гипосмия или аносмия), потеря вкуса (дисгевзия), конъюнктивит, слабость, мышечные боли, головная боль, рвота, диарея, кожная сыпь) при наличии хотя бы одного из эпидемиологических признаков:

• Возвращение из зарубежной поездки за 7 дней до появления симптомов;

• Наличие тесных контактов за последние 7 дней с лицом, находящимся под наблюдением по COVID-19, который в последующем заболел;

• Наличие тесных контактов за последние 7 дней с лицом, у которого лабораторно подтвержден диагноз COVID-19;

• Наличие профессиональных контактов с лицами, у которых выявлен подозрительный или подтвержденный случай заболевания COVID-19.

2. Наличие клинических проявлений, указанных в п.1, в сочетании с характерными изменениями в легких по данным компьютерной томографии (КТ) (см. Приложение 1 настоящих рекомендаций) вне зависимости от результатов однократного лабораторного исследования на наличие РНК SARS-CoV-2 и эпидемиологического анамнеза.

3. Наличие клинических проявлений (указаны в п.1) в сочетании с характерными изменениями в легких по данным лучевых исследований (указаны в п.2) при невозможности проведения лабораторного исследования на наличие РНК SARS-CoV-2.

Подтвержденный случай COVID-19

1. Положительный результат лабораторного исследования на наличие РНК SARS-CoV-2 с применением методов амплификации нуклеиновых кислот (МАНК) или антигена SARS-CoV-2 c применением иммунохроматографического анализа вне зависимости от клинических проявлений.

Как быстро распространяются новые штаммы SARS-CoV-2

В мире появляются все новые варианты коронавируса, которые распространяются быстрее исходного вируса. Исследователи стараются понять, почему так происходит. Теперь оказалось, что новые штаммы реже проходят бессимптомно

Появление все более трансмиссивных вариантов SARS-CoV-2 — вируса, вызывающего COVID-19, — заставляет врачей беспокоиться. В новой работе авторы исследовали штаммы B. 1.1.7 («британский» вариант) и B. 1.351 («африканский» вариант), чтобы оценить, имеют ли пациенты с такими вирусами более высокую вирусную нагрузку, по сравнению с исходным «уханьским» штаммом. Более высокая вирусная нагрузка объяснила бы высокую вирулентность штаммов.

Исследователи идентифицировали варианты при помощи секвенирования всего генома. Они использовали большую когорту образцов и показали, что британский вариант составляет 75% циркулирующих вирусов к апрелю 2021 года. Исследователи сравнили 134 образца с «британским» и «африканским» штаммами с 126 контрольными образцами и, имея доступ к клинической информации пациентов, смогли соотнести данные геномики с тяжестью инфекции и исходами.

Все образцы прошли дополнительное тестирование для определения их вирусной нагрузки. Полученные данные затем связали со стадией заболевания, анализируя для этого количество дней после начала симптомов. Это позволило более адекватно сравнивать вирусную нагрузку в группах. Ученые показали, что по этому параметру более «заразные» штаммы не отличаются от исходного «уханьского», а значит причина их высокой трансмиссивности не в этом.

Результаты работы также показали, что пациенты, инфицированные B. 1.1.7 и B. 1.351, с меньшей вероятностью будут бессимптомными по сравнению с контрольной группой. Люди, зараженные этими вариантами, не имели более высокий риск смерти или попадания в интенсивную терапию, но были более склонны к госпитализации.

Исследование былона World Microbe Forum.

Как можно отличить новые штаммы SARS-CoV-2 от других вирусов

Изменения в генетическом материале, называемые мутациями, — это естественные процессы для всех живых существ. У человека также возникают генетические мутации, имеющие различную природу. Они делятся на:

• нейтральные;
• отрицательные — в этом случае возникает генетическое заболевание;
• полезные — встречаются очень редко.

Мутация — это аномальный вариант генетического материала, хромосомы или последовательности ДНК, возникающий в результате ошибок в дупликации ДНК, предшествующих делению клеток. Мутация также возможна при размножении вируса (SARS CoV-2 имеет одноцепочечную молекулу РНК). Это означает, что чем больше вирус распространяется, заражая людей, тем выше риск мутации.

Если в результате мутации вирус приобретает новые характеристики, делающие его существенно отличным от исходного, то его называют вариантом. Единственный эффективный способ избежать новых мутаций коронавируса в мире – остановить его распространение, приобретя иммунитет и соблюдая правила гигиены и безопасности.

Симптомы Омикрона – на что обращать внимание?

Инфекция SARS-CoV-2 обычно связана с рядом симптомов:

• лихорадкой;
• сухим кашлем;
• нарушением обоняния и вкуса.

В случае с вариантом Омикрон симптомы несколько отличаются. Среди признаков нового варианта вируса гораздо реже встречается отсутствие запаха и вкуса (только у 20% больных) и высокая температура. Заражение подтипом Омикрона по своему течению напоминает простуду.

Существует также подтвержденная связь между першением в горле и SARS CoV-2 в этом подтипе. Этот симптом ощущается в начале инфекции. Затем появляется боль в горле, усиливающаяся при проглатывании. Часто отмечаются:

• усталость;
• чувство общего недомогания;
• головная боль;
• чихание;
• насморк.

Насморк — наиболее частый симптом. Некоторых больных беспокоит не очень сильный сухой кашель, но при омикроне это не является правилом.