Так называлась в церковнославянском алфавите буква "х", а также любой крестик в форме буквы "х".
Когда крестом вычеркивали ненужные места в тексте, это называлось "Похерить". Старый алфавит со всеми азами и буками окончательно отменили в начале XX века, и слово "хер", выйдя из использования, через полстолетия превратилось в синоним коротенького слова на "х" (ты знаешь какого. А заодно стало казаться непристойным и распространенное выражение с похожим корнем - "Страдать Херней"
. Hernia по-латыни означает "Грыжа", и именно этот диагноз добрые военные врачи чаще всего выставляли детям обеспеченных мещан, которым не хотелось служить в армии.
Каждый пятый горожанин - призывник в России в конце XIX века исправно страдал херней (крестьянам же херня чаще всего была не по карману, и их забривали куда активнее.