Тут стоит начать с "Полномочий" нашего иммунитета. В разных тканях они разные.
В нервной ткани иммунитет куда слабее. Это сделано чтобы агрессивные иммунные реакции не повредили нежные нейроны.
Герпес и бешенство живут как раз в нервной ткани. Поэтому иммунитет не может их достать, т. к. нейроны "вне их Юрисдикции".